Dokumenty uczestnictwa Braniewa w Związku Hanzeatyckim kończą się na 1604 roku, ale jeszcze w 1681 roku rada Starego Miasta Braniewa podkreślała, że korzysta z prawa morskiego nadanego przez Hanzę, a statki z braniewskiego portu docierają do Holandii, Danii i Szwecji.

Do końca XVIII wieku, mimo kryzysu gospodarczego powodowanego wojnami szwedzkimi, Braniewo pozostawało ciągle ośrodkiem handlu dalekomorskiego. Pomimo wielu utrudnień w Braniewie wykształcili się pierwsi armatorzy, właściciele statków. Najpotężniejszym armatorem stał się Johann Oestreich (1750–1833), który w ciągu ponad 40 lat doszedł do ogromnego majątku, zajmując się głównie handlem przędzą lnianą. Sam posiadał on dwa statki „Braunsberg” i „Vigillante”, które pływały z przędzą do portów europejskich, a nawet Ameryki Północnej. Pod koniec XIX wieku zaczęły kursować parowce, będące własnością spółki kupców braniewskich, które docierały do Pilawy i Królewca. lewo|mały|220x220px|Elbinger Anzeigen 1862 ogłasza przewóz towarów statkiem raz w tygodniu pomiędzy Elblągiem i Braniewem Rozwój w XIX wieku kolei żelaznych kształtuje nowy układ szlaków komunikacyjnych. 19 października 1852 roku dociera do Braniewa pierwsza linia kolejowa, dająca połączenie z Malborkiem przez Elbląg. W następnym roku, 1853, miasto zyskuje połączenie z Królewcem.