Hierarchia SCOP jest bazą hierarchiczną. Podstawową jednostką klasyfikacji jest domena. Małe i średnie białka składają się zazwyczaj z jednej domeny, podczas klasyfikacji cząsteczki takie są więc traktowane całościowo. Większe struktury są natomiast dzielone na mniejsze domeny, które później klasyfikuje się oddzielnie. Na przykład białko hemoglobiny o strukturze alfa2beta2, w bazie SCOP ma przypisane dwie domeny: jedną dla podjednostek alfa i drugą dla podjednostek beta.
Struktura, sekwencja oraz relacje funkcjonalno-strukturalne pomiędzy domenami, wpływają na klasyfikację domen na różnych poziomach hierarchii. Reguły grupowania białek są zmienne na poszczególnych poziomach hierarchii, od funkcjonalno-strukturalnych do czysto strukturalnych. Modele struktur białkowych pochodzą z PDB (Protein Data Bank).
Poziomy hierarchii SCOP:
Class (klasy): Najwyższy poziom hierarchii zawierający powiązane ze sobą zwoje, klasyfikowane na podstawie zawartych struktur drugorzędowych. Folds (zwoje): Strukturalnie podobne rodziny białek, bez uwzględnienia pokrewieństwa ewolucyjnego.