Superfamily (nadrodzina): Zgrupowanie rodzin białek o podobnych cechach strukturalnych i funkcjonalnych pochodzących od wspólnego przodka. Family (rodzina): Zawiera białka o podobnej sekwencji ale niekoniecznie tej samej funkcji biologicznej. Protein (białko): Zbiór podobnych sekwencji pełniących te same funkcje biologiczne. Species (gatunek): Pojedyncze sekwencje białkowe pogrupowane według gatunków.
Rodziny w SCOP mają przypisany zwięzły ciąg klasyfikacji, sccs, gdzie pierwsza litera ciągu oznacza klasę, a każda następująca po sobie cyfra identyfikuje po kolei: zwój, nadrodzinę i rodzinę. Na przykład rodzina Globin posiada kod: A.1.1.2.
Class (klasy) Powiązane ze sobą zwoje, tworzą klasy hierarchii. Na podstawie struktur drugorzędowych wyodrębniono w bazie SCOP 11 klas białek.
7 klas to klasy podstawowe: