Od lutego 2010 do marca 2019 praktykowała jako adwokat. Następnie zawiesiła działalność, a 22 marca 2019 na własną prośbę została skreślona z listy adwokatów z powodu planów zaangażowania się w działalność polityczną.
W latach 2001–2017 współpracowała ze stowarzyszeniem obywatelskim VIA IURIS. Zajmowała się kwestią praworządności i promowania sprawiedliwości. Zajmowała się takimi kwestiami jak funkcjonowanie sądownictwa, odpowiedzialność urzędników publicznych, przejrzystość w zarządzaniu mieniem publicznym oraz wzmocnienie kontroli nad władzami publicznymi. Jako dyrektor programowa VIA IURIS była zaangażowana w działania na rzecz zniesienie tzw. amnestii Vladimíra Mečiara. Pracowała wówczas nad największą w historii Słowacji petycją. 27 marca 2017 pod petycją do Rady Narodowej złożono 76 831 podpisów. We wrześniu 2017 Zuzana Čaputová ogłosiła odejście z zespołu VIA IURIS, koncentrując się na praktyce adwokackiej, deklarując jednocześnie dalszą aktywność na rzecz ochrony środowiska.
Jest autorką lub współautorką kilku publikacji, została członkinią Environmental Law Alliance Worldwide (ELAW).