Sprawa wysypiska odpadów w Pezinoku W Pezinoku przez ponad dziesięć lat prowadziła publiczną kampanię przeciwko zezwoleniu na założenie kolejnego wysypiska śmieci, które zanieczyszczałoby glebę, powietrze oraz wodę w mieście i w okolicy. Ostatecznie w 2013 Sąd Najwyższy orzekł, że nowe składowisko jest nielegalne. Wyrok ten zapadł po orzeczeniu Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, który potwierdził prawo społeczeństwa do udziału w podejmowaniu decyzji w sprawach dotyczących środowiska.
W 2016 za tę działalność Zuzana Čaputová została uhonorowana Nagrodą Goldmanów, przyznawaną za znaczący wkład w dziedzinie ochrony środowiska przez międzynarodowe jury z udziałem ekspertów.
Początki działalności politycznej W 2010 została wybrana do rady miejskiej Pezinoku jako kandydatka niezależna. Mandat radnej wykonywała do 2014.
W grudniu 2017 ogłosiła przystąpienie do powstającego ruchu politycznego Postępowa Słowacja, a w styczniu 2018 została wybrana na wiceprzewodniczącą tego ugrupowania.