W marcu 2019, po pierwszej turze wyborów prezydenckich, złożyła rezygnację z funkcji wiceprzewodniczącej, a w maju tego samego roku wystąpiła o skreślenie jej z listy członków Postępowej Słowacji.
Wybory prezydenckie w 2019 Kandydatura i kampania wyborcza mały|Zuzana Čaputová z córkami i ówczesnym partnerem podczas drugiej tury wyborów prezydenckich w Pezinoku Na konferencji prasowej 29 maja 2018 ogłosiła swoją kandydaturę na prezydenta Słowacji w wyborach w 2019. Jako jeden z powodów startu wskazała zabójstwo dziennikarza Jána Kuciaka i jego partnerki Martiny Kušnírovej. Nie uważała swojej płci za przeszkodę w wyborach.
Wymagane do rejestracji swojej kandydatury podpisy złożyła w styczniu 2019. W lutym oficjalnie poparł ją zajmujący wysokie miejsce w sondażach Robert Mistrík, który zrezygnował z kandydowania. Wsparcie dla kandydatki deklarował też nieubiegający się o reelekcję prezydent Andrej Kiska. Poza własnym ugrupowaniem ostatecznie do głosowania na nią wezwały też partie Wolność i Solidarność, Zwyczajni Ludzie i SPOLU.