Świątynia została konsekrowana 8 października 1863 przez biskupa sufragana Antoniego Frenzla ku czci Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi PannyRocznik Diecezji Warmińskiej rok 1974, Olsztyn 1974, s. 99Paweł Romański Biskup warmiński Józef Ambroży Geritz (1783-1867), Olsztyn 2015, s. 177. W 1864 jako pamiątka po pierwszym kościele został odsłonięty kamienny krzyż zachowany ze starej świątyni.
Kościół gimnazjalny początkowo nie był połączony z aulą, wieżą i budynkiem głównym. Jednak jeszcze przed ukończeniem jego budowy zaczęto już planować dostawienie auli pomiędzy kościołem a budynkiem gimnazjum. W dniu 17 maja 1866 Kolegium Szkolne Prowincji Prus Wschodnich (Provinzialschulkollegium) wyasygnowało na cen cel kwotę 16 767 marek. Już na wiosnę następnego roku rozpoczęła się budowa auli, by 22 marca 1869, w dniu urodzin króla Wilhelma I Hohenzollerna, aula połączyła kościół z głównym skrzydłem szkoły. Dwa lata później aula ta otrzymała już oświetlenie gazowe, prawdopodobne że wraz z aulą również kościółDas Akademische Gymnasium 1772–1811 von Berhard-Maria Rosenberg, in: Zeitschrift für die Geschichte und Altertumskunde Ermlands, 30 (1966), s.