572–593.
W latach 1874–1876 dzięki poparciu władz pruskich kościół przejęty został przez starokatolików (był to okres kulturkampfu, w którym starokatolicyzm cieszył się licznymi przywilejami władz)Marek Jodkowski Budownictwo sakralne diecezji warmińskiej w latach 1821– 1945, Olsztyn 2011, s. 20–21.
26 grudnia 1902 oraz 22 lutego 1903 przeszły nad miastem orkanowe wiatry, które uszkodziły wiele budynków, również dach kościoła gimnazjalnego i połączonej z nim auli. W apsydzie kościoła ofiarą orkanu padły również witraże z przedstawieniem Świętego Józefa. Firma witrażowa z Linnich – fundator tychże witraży – podjęła się wspaniałomyślnie nieodpłatnej ich naprawy.mały|211x211px|Ołtarz główny kościoła gimnazjalnego (ok. 1915)|lewoW 1911 zawarto porozumienie umożliwiające udział w nabożeństwach w kościele gimnazjalnym dziewcząt ze szkoły żeńskiej Elisabethschule. W 1913 roku, z okazji 50-lecia zbudowania kościoła, został on odnowiony i odmalowany za kwotę 5000 marek, za kwotę 3655 marek zostały wyremontowane i zmodernizowane organy. Ponadto za kwotę 620 marek odrestaurowano stary kamienny krzyż, który pozostał po rozebranym w 1809 roku kościele Mariackim, i zawieszono go wewnątrz świątyniJahresbericht über das Königliche Gymnasium zu Braunsberg. Ostern 1914, Braunsberg. Heynes Buchdruckerei (G. Riebensahm), 1914.