Po zajęciu Śremu 7 września 1939 roku, najważniejsze dokumenty OSP Śrem oraz sztandar znalazły się w niebezpieczeństwie. Wróciwszy z niewoli, Skotarczak wyniósł sztandar z wieży remizy i ukrył u siebie w domu. Tam też przeleżał całą wojnę. Po rozwiązaniu OSP w Śremie Skotarczak został wcielony do przymusowego polskiego oddziału pożarniczego o nazwie „Flichtfeuerwehr zu Schrimm„. Został zastępcą dowódcy tego tworu. Przez całą okupację pracował w kinie Słonko w Śremie.
W okresie okupacji starał się za wszelką cenę ratować majątek polski. Jest to m.in. pożar młyna Antoniego Muślewskiego, który gaszono z taką myślą.
Kiedy Armia Czerwona zaczęła zbliżać się do Śremu, Niemcy wycofywali się z tych ziem. Zaczęli w popłochu uciekać, niszcząc wszystko to, co napotykali na swej drodze. Świadomie i celowo podpalali magazyny i budynki użyteczności publicznej. Podpalono min. Hotel Bazar, który został zamieniony na magazyny żywnościowe. Stanisław Skotarczak, wraz z synem Czesławem, oraz Wacławem Kasprzakiem ugasili pożar, ratując tym samym bardzo potrzebną w owym czasie żywność. Po wyzwoleniu miasta sprowadził do Śremu z Poznania niemiecką motopompę, którą naprawił za własne pieniądze i podarował straży.