Jego dzieła trafiły na Indeks ksiąg zakazanych Kościoła katolickiego. Emil został tam umieszczony w 1762), Umowa społeczna i List do arcybiskupa de Beaumontw 1766, Lettres écrites de la montagne w 1767, a Nowa Heloiza w 1806 (już po śmierci Rousseau. Wszystkie te dzieła pozostały na indeksie do jego końca w 1966. W 1763 Genewa pozbawiła Rousseau obywatelstwa. Môtiers również nie dawało Rousseau bezpieczeństwa. W 1765, po tym, jak jego dom został obrzucony kamieniami, Rousseau uciekł nad jezioro Bienne, potem do Paryża, a w końcu udał się na zaproszenie Davida Hume'a do Anglii. Nie przebywał tam długo. Wkrótce zraził do siebie Hume'a i angielskie towarzystwo, powrócił na kontynent (1767), osiadając w końcu w Paryżu (1770). W sierpniu 1767 poślubił Thérèse Levasseur, z którą był już długo związany. Miał z nią pięcioro dzieci, które oddał do sierocińca, nie nadając im nawet imion. W Paryżu utrzymywał się z przepisywania nut, prywatnych lekcji i odczytów, oraz okazjonalnych tantiem przekazywanych przez jego amsterdamskiego wydawcę, Marca-Michela Reya. Stan jego zdrowia (fizycznego i psychicznego) w tym okresie był bardzo zły, co odbijało się na kontaktach z innymi oraz w treści jego pism. Dawni przyjaciele, szczególnie Madame d’Épinay, prześladowali go, utrudniając wystąpienia.