Kroeber umieścił zakonserwowany mózg Ishi w słoiku z ceramiki Pueblo owiniętym skórą jelenia i wysłał go do Smithsonian Institution w 1917. Był tam przetrzymywany do 10 sierpnia 2000, kiedy to Smithsonian oddał go potomkom plemion Redding Rancheria i Pit River. Było to zgodne z Ustawą Narodowego Muzeum Indian Amerykańskich z 1989. Według Roberta Fri, dyrektora Narodowego Muzeum Historii Naturalnej, „wbrew powszechnemu przekonaniu Ishi nie był ostatnim przedstawicielem swojego plemienia. Prowadząc proces zwrócenia szczątków, dowiedzieliśmy się, że jego najbliższy żyjący krewni to lud Yana z północnej Kalifornii. Jego szczątki wróciły z Colmy, a członkowie plemienia zamierzali pochować je w tajnym miejscu.

W 1999 antropolodzy z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley napisali list, w którym przeprosili za traktowanie Ishiego. mały|Ishi w 1914

Dyskusja na temat pochodzenia Jerald Johnson ustalił, że istnieją morfologiczne dowody na to, że rysy twarzy i wzrost Ishi były bardziej typowe dla plemion Wintu i Maidu. Teoretyzował, że pod presją zmniejszającej się populacji członkowie grup, które kiedyś były wrogami, zawierali mieszane małżeństwa, aby przetrwać. Johnson odniósł się również do historii mówionych Wintu i Maidu, które wspominały o małżeństwach plemion z Yahi.