Jak dowiedziono w toku procesu, między 12 a 15 kwietnia 1994 roku Rukundo przywiózł swoim samochodem żołnierzy do kolegium Św. Józefa w Kabgayi i rozkazał im przeszukać budynek w poszukiwaniu ukrywających się uchodźców Tutsi. W trakcie tego przeszukania żołnierze zabili kilku uchodźców: w szczególności uprowadzili kobietę o nazwisku Rudahunga, którą przewieźli do jej domu, zastrzelili, a następnie powrócili do kolegium, gdzie ciężko ranili maczetami dwójkę jej dzieci i zostawili je na pewną śmierć. W całym tym zajściu Emmanuel Rukundo podążał za nimi drugim samochodem, a według wiarygodnych zeznań świadka powiedział potem że "weszliśmy do domu Rudahungi, zabiliśmy mu żonę i dzieci, ale temu idiocie udało się uciec". Ponadto, 15 maja 1994 roku Rukundo podjął w pokoju seminarium Petit Séminaire de Saint Léon próbę gwałtu z bronią w ręku. Gwałt na młodej kobiecie Tutsi nie doszedł do skutku z powodu przedwczesnego wytrysku u Rukundo.
Po ludobójstwie Emmanuel Rukundo uciekł do Szwajcarii, gdzie otrzymał status uchodźcy. Od roku 1999 posługiwał w kościele pod wezwaniem Św. Pawła w Genewie. 11 lipca 2001 roku Międzynarodowy Trybunał Karny dla Rwandy poprosił szwajcarskie MSZ o przekazanie Rukundo przed oblicze sprawiedliwości.