Następnego dnia został on aresztowany.

Proces i wyrok Sprawa karna Rukundo trwała przed Międzynarodowym Trybunałem Karnym dla Rwandy między 15 listopada 2006 a 20 lutego 2008 roku.

Oprócz wymienionych powyżej czynów, Rukundo był również oskarżany m.in. o udział w blokadzie drogowej, w trakcie której Tutsi byli łapani i zabijani, a także przeszukanie seminarium w Kabgayi i stworzenie listy przebywających w nim duchownych z plemienia Tutsi, na podstawie której zostali oni potem schwytani i zamordowani. Trybunał uznał jednak, że w tych sprawach oskarżyciel nie zgromadził wystarczającego materiału dowodowego, aby uznać go za bezsprzecznie winnego. Również ekstremistyczna działalność Rukundo przed rokiem 1994 nie została uznana przez Trybunał za mającą bezpośredni związek ze sprawą, i jako znajdująca się poza ramami czasowymi ludobójstwa w Rwandzie, została pominięta przy wydawaniu wyroku.

Jego przestępstwa zostały zakwalifikowane jako ludobójstwo i zbrodnia przeciwko ludzkości, za co 25 lutego 2009 roku Rukundo został skazany na 25 lat więzienia.