Obszar Strunjanu pojawia się w źródłach pisanych w XI wieku, kiedy patriarcha Akwilei Poppo przekazał tutejsze dobra benedyktyńskiemu klasztorowi żeńskiemu Najświętszej Maryi Panny w Akwilei. W kolejnych stuleciach miejscowość rozwijała się jako gospodarcze zaplecze pobliskiego Piranu.
Podczas gdy Piran uzyskał charakter zwartego ośrodka miejskiego i portowego, Strunjan pozostał obszarem rolniczym i solnym. Warunki klimatyczne sprzyjały uprawie winorośli, oliwek, drzew owocowych i warzyw, a płytkie wybrzeże zatoki umożliwiło rozwój produkcji soli.
Od końca XVIII wieku do II wojny światowej rolnictwo stanowiło podstawę miejscowej gospodarki. Produkty z sadów i ogrodów przewożono łodziami na targi w Trieście, a w późniejszym okresie wzrosło znaczenie oliwy, wina i uprawy owoców kaki.
Na początku XX wieku przez Strunjan przeprowadzono wąskotorową linię kolejową Parenzana, łączącą Triest z Porečem. Uruchomienie połączenia poprawiło dostępność miejscowości, ułatwiło transport płodów rolnych i przyczyniło się do rozwoju pierwszych pensjonatów oraz willi letniskowych.
Po zamknięciu linii w 1935 roku jej znaczenie komunikacyjne przejął transport drogowy.