Aby dotreach do zamku Baby Bowsera, Yoshi muszą pokonać sześć stron książki. Każda strona przedstawia inny obszar wyspy i składa się z czterech plansz, z których gracz wybiera jedną. Po ukończeniu sześciu etapów wybrany Yoshi staje do pojedynku z Baby Bowserem. Pokonanie go odblokowuje epilog, który podsumowuje historię na podstawie ukończonych przez gracza poziomów. Jeśli w trakcie rozgrywki dany Yoshi straci wszystkie punkty zdrowia, zostaje schwytany przez sługi Kameka i trwale usunięty z wyboru postaci w danej rozgrywce.
Rozgrywka Rozgrywka w Yoshi’s Story jest dwuwymiarowa z perspektywy przewijanego ekranu, z grafiką wykorzystującą modele trójwymiarowe (2.5D). W grze dostępne są dwa tryby: **Story** – tryb fabularny, w którym gracz przemierza sześć kolejnych rozdziałów, prowadząc do konfrontacji z finałowym bossem. Odkrywanie ukrytych przejść odblokowuje alternatywne etapy na kolejnych stronach. **Trial** – tryb swobodny, umożliwiający ponowne przechodzenie poziomów odblokowanych wcześniej w trybie fabularnym w celu uzyskania wyższego wyniku punktowego.
W przeciwieństwie do tradycyjnych platformówek etapy nie posiadają klasycznej linii mety – zamieniają się w pętlę, dopóki gracz nie zbierze trzydziestu owoców.