Postać gracza może zjadać przeciwników i zamieniać ich w jajka służące jako pociski.
Produkcja Projekt początkowo powstawał pod roboczą nazwą Yoshi’s Island 64 i był tworzony z myślą o napędzie dysków 64DD. W związku z opóźnieniem premiery przystawki, grę przeprojektowano i wydano na standardowym kartridżu. Za produkcję odpowiadał zespół tworzący wcześniej Yoshi’s Island, reżyserem był Hideki Konno, a producentem Takashi Tezuka.
Mimo że konsola Nintendo 64 operowała pełnym środowiskiem trójwymiarowym, projektant Shigeru Miyamoto zdecydował o zachowaniu mechaniki dwuwymiarowej, argumentując to chęcią uzyskania unikalnej oprawy wizualnej przypominającej rękodzieło, tkaniny oraz plastyczne struktury„What’s Next for Shigeru Miyamoto?”. Next Generation. No. 26. Imagine Media. February 1997. p. 144.. W sierpniu 1997 roku ogłoszono ostateczny tytuł gry – Yoshi’s Story. Pojemność kartridża została przed samą premierą zwiększona z 96 do 128 megabitów.