Oprawa dźwiękowa Efekty dźwiękowe do gry wyreżyserował Hajime Wakai, natomiast ścieżkę dźwiękową skomponował Kazumi Totaka, który użyczył również głosu postaci Yoshi. Nagrany przez niego głos stał się stałym elementem serii i późniejszych gier z udziałem postaci (np. w serii Super Smash Bros.). Dopiero w gra New Super Mario Bros. Wii z 2009 roku powrócono do oryginalnych efektów dźwiękowych postaci z ery 16-bitowej.
Gra zawiera interaktywny system muzyczny, dostosowujący podkład dźwiękowy do wydarzeń na ekranie. Totaka ukrył w grze również swój charakterystyczny, 19-tonowy motyw muzyczny (tzw. Totaka’s Song), możliwy do odtworzenia na ekranie wyboru trybu Trial po odczekaniu odpowiedniego czasu.
Ścieżka dźwiękowa wydawana była w kilku wariantach: W Ameryce Północnej wydano płytę promocyjną Music to Pound the Ground To: Yoshi’s Story Game Soundtrack na wyciętym nośniku CD w kształcie głowy Yoshiego. W Japonii ukazał się oficjalny album Yoshi Story Original Soundtrack (4 lutego 1998, nakładem Pony Canyon). W Niemczech wydano edycję Love, Peace & Happiness: The Original Yoshi’s Story Soundtrack (9 kwietnia 1998).