Podczas badań wykopaliskowych w Jurkowicach zastosowała zaczerpniętą od Ludwika Sawickiego metodę pozwalającą na uzyskanie profili obiektów, pierwsze samodzielne badania przeprowadziła w 1929 w OpatowieZygmunt Krzak, Prof. dr Zofia Podkowińska, Archeologia Polski, t. 21:1976, z. 2, s. 433–435.. Podczas opracowywania zagadnień neolitu polskiego w 1932 otrzymała z Funduszu Kultury Narodowej stypendium, które umożliwiło jej wyjazd za granice. Pracowała wówczas w muzeach Czechosłowacji, Austrii i Niemiec, wnioski i obserwacje zawarła w pracy Kultura ceramiki wstęgowej, która została przekazana do druku w 1938 i miała być podstawą pracy habilitacyjnej Pożar drukarni w 1939 i mieszkania Zofii Podkowińskiej w 1944 sprawiły, że praca przepadła. Druga Wojna Światowa Podczas okupacji hitlerowskiej nie była zaangażowana w działalność żadnej organizacji niepodległościowej, działała społecznie pomagając działaczom Gwardii Ludowej, a następnie Armii Ludowej z oddziału Narbutta oraz była zaangażowana w organizowaną przez Adolfa Bermana pomoc rodzinom żydowskim zagrożonym aresztowaniem. Po przeniesieniu we wrześniu 1940 zbiorów Państwowego Muzeum Archeologicznego z Łazienek do gmachu Muzeum Narodowego została zaangażowana przez prof. Konrada Jażdżewskiego do porządkowania tych zbiorów.