Kościół przeszedł przebudowę w 1651. Po wizytacji kościoła w Szybowicach 28 października 1651 w sprawozdaniu zanotowano, że kościół był murowany, posiadał drewniany dach i był pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Marii Panny i św. Barbary. Posiadał jeden ołtarz, tabernakulum znajdowało się w otworze w murze obok ołtarza. W skład inwentarza kościelnego wchodził jeden kielich, jeden ornat, jedna alba i cztery dzwony na wieży. Kościół został poddany remontowi w 1731 i poświęcony Michałowi Archaniołowi, patronowi kościoła miejskiego w Prudniku. Proboszcz Johann Franz Ernst w 1769 zakupił dla kościoła organy za 300 talarów w warsztacie Schefflera w Brzegu.
W latach 1820–1838 przeprowadzono w kościele wiele prac. Proboszcz Johann Kahlert polecił wyłożyć posadzki kościoła marmurami ze Sławniowic i wstawić nowe ławki, wybić okrągłe okno pod chórem, wykonać nowe drzwi na wieżę, zamalować freski drogi krzyżowej, a w ich miejsce zakupił obrazy stacji drogi krzyżowej z Nowego Lasu. Usunął ołtarz św. Franciszka, sprowadzony do Szybowic z klasztoru kapucynów w Prudniku przez jednego z poprzednich proboszczów. W 1848 proboszcz Franz Reinhard Guttschke polecił wykonać remont dachu kościoła, odnowić ambonę, wykonać nowe ołtarze boczne. W 1867 wydał 1560 talarów na rozbudowę i podniesienie wysokości wieży kościoła.