Pracą zajęli się bracia Franz i August Kabierske. Następny proboszcz – Joseph Drathschmidt – ufundował nowy ołtarz z figurą Michała Archanioła, otynkował kościół i wymalował jego wnętrze.
Adolf Schwarz – ostatni niemiecki proboszcz Szybowic – po I wojnie światowej przeprowadził najpoważniejszy remont kościoła. Górna część wieży kościelnej zwieńczona szpicem stopniowo się przechylała. Szpic rozebrano w 1919 i został odbudowany w 1923 z wyciętych drzew w Lesie Prudnickim. Podczas specjalnej uroczystości poświęcono krzyż i kulę, i umieszczono je na szpicy wieży. Do kuli włożono dokumenty, które zostały odkryte w 2010 podczas kolejnego remontu wieży i dachu kościoła.
Podczas walk w rejonie Prudnika podczas II wojny światowej dach kościoła stanowił cel dla rosyjskich pocisków artyleryjskich, które likwidowały umieszczone tam przez Niemców punkty obserwacyjne i stanowiska karabinów maszynowych. Od 1945, po zamieszkaniu Polaków w Szybowicach, parafianie wspólnie z ks. Ludwikiem Rutyną zajmowali się naprawą zniszczeń wojennych. W 1959 z inicjatywy proboszcza Romana Flakiewicza wykonano drzwi do zakrystii od strony wschodniej, w 1961 ławki na chórze, w latach 1962–1963 pokryto dach kościoła blachą, następnie przebudowano chór, dokonano renowacji ołtarza, w 1970 wymieniono organy mechaniczne z 1796 na pneumatyczne.