Po odzyskaniu niepodległości stanem wstrząsały liczne niepokoje, których doświadczała i reszta kraju. Po serii walk pomiędzy frakcjami liberałów i konserwatystów doszło do uspokojenia sytuacji. Stało się tak dopiero po przejęciu urzędu prezydenta przez Benita Juáreza, który urodził się w Oaxace. Juarez stał się bohaterem walk z interwencją francuską w latach 60. XIX w. Po Juárezie dyktatorskie rządy sprawował Porfirio Díaz (również pochodzący z Oaxaki), dzięki któremu rozbudowano infrastrukturę drogową i kolejową. Díaz został obalony w wyniku wybuchu rewolucji meksykańskiej w 1910.
W czasie sprawowania władzy przez Juáreza i Díaza Oaxaca rozwinęła się jako ośrodek rolniczy, handlowy i finansowy. Díaz połączył większe miasta stanu za pomocą kolei i telegrafów. Gdy reżim Díaza chylił się już ku upadkowi, czołowi politycy z Oaxaki udzielali mu poparcia w walce z rewolucjonistami. Mimo to także i tutaj doszło do zamieszek. Walki rozgorzały na dobre, po tym jak dotychczasowi przywódcy rewolucyjni zaczęli konkurować pomiędzy sobą o władzę.
Po rewolucji Oaxaca zaczęła odchodzić od wizerunku rolniczego stanu, coraz większą rolę zaczęła odgrywać turystyka. Odkryto tu liczne pozostałości po indiańskich cywilizacjach.