Po lewej stronie otwarto pięć kaplic, wzniesionych z inicjatywy znanych rodów weneckich.
Likwidacja klasztoru Kościół i klasztor były własnością franciszkanów do 1810 roku. Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1810 roku kościół i klasztor zostały zniesione, a klasztor zburzony dwa lata później. W 1812 roku teren byłego klasztoru został przeznaczony pod Ogrody Botaniczne. Część z nich, położonych w pobliżu lądu stałego, została zniszczona przez austriackie bombardowania. W okresie, w którym kościół był nieczynny, splądrowano szereg znajdujących się w nim dzieł. W 1815 roku obrazy ołtarzowe Giovanniego Belliniego, Marca Basaitiego oraz Vittore Carpaccia przeniesiono do Gallerie dell’Accademia, gdzie nadal się znajdują. W 1844 roku do ocalałego skrzydła klasztoru wprowadzili się kanosjanie, zakon założony w 1831 roku przez św.