28 kwietnia odbyła się Wojewódzka Inauguracja Dni Olimpijczyka, a 10 listopada tego samego roku odbyło się uroczyste wręczenie i poświęcenie sztandaru. Od 1 września 1999 roku, wraz z wejściem w życie reformy szkolnictwa, w szkole funkcjonowało również gimnazjum. Początkowo nie miało ono imienia. Uchwałą Rady Gminy z 25 lutego 2003 roku utworzono Zespół Szkół im. Stanisława Ligonia w Truskolasach. Podjęto wówczas starania o nadanie szkole nowego sztandaru. Uroczystość nadania sztandaru połączona z II Zjazdem Absolwentów odbyła się 24 kwietnia 2004.
19 kwietnia 2008 roku, w 200 rocznicę szkolnictwa w Truskolasach, odbył się III Zjazd Absolwentów. W latach 2014–2017 trwały obchody 100-lecia pobytu Stanisława Ligonia w Truskolasach. W ramach tych obchodów 18 kwietnia 2015 roku odbył się IV Zjazd Absolwentów.
Od 1 września 2017 w wyniku kolejnej reformy edukacji Zespół Szkół przekształcił się ponownie w Szkołę Podstawową.
Współpraca międzynarodowa Szkoła realizuje liczne projekty międzynarodowe.