Blokada trwała dwa lata i zakończyła się poddaniem się Francuzów Brytyjczykom w 1800, co sprawiło, że Malta stała się brytyjskim protektoratem i zainicjowało 164 lata rządów brytyjskich.
Tło polityczne thumb|240px|Ferdinand von Hompesch zu Bolheim, ostatni wielki mistrz rządzący Maltą
W XVIII wieku położenie zakonu św. Jana zaczęło się pogarszać, ponieważ jego funkcja narzędzia walki z muzułmanami stała się przestarzała. Zakon opierał się głównie na Francji, która była ważnym źródłem dochodów, a większość jego członków była Francuzami. W następstwie rewolucji francuskiej Zakon dotknęły poważne niepowodzenia, a przed 1792 wystąpiły już poważne trudności finansowe. Tymczasem Francja i inne główne potęgi europejskie zaczęły interesować się Maltą ze względu na jej strategiczne położenie w środkowym regionie Morza Śródziemnego oraz jej system fortyfikacji, który był jednym z najsilniejszych w Europie.
W marcu 1798 do Zakonu dotarły informacje, że Francuzi gromadzą siły w Tulonie. Jednakże przypuszczano, że są to przygotowania do ataku na Portugalię i Irlandię, i wielki mistrz Ferdinand von Hompesch zu Bolheim nie wierzył w bliski atak na Maltę.