Hompesch mógł zostać poinformowany 4 czerwca o mającym nastąpić ataku, chociaż autentyczność przedmiotowego dokumentu została zakwestionowana.
Inwazja 6–9 czerwca: Przybycie francuskiej floty i ultimatum Francuska flota została zauważona koło Gozo 6 czerwca 1798, i Hompesch zwołał radę wojenną i wezwał pod broń milicję. Maltańscy żołnierze i milicja, pod dowództwem członków Zakonu, byli odpowiedzialni za obronę ufortyfikowanych miast na obszarze Grand Harbour, a to Valletty, Floriany, Birgu, Senglei i Cospicui. Inne miasta oraz wybrzeże miały być bronione przez członków lokalnych oddziałów dejmy i pewnej liczby rycerzy Zakonu, w tym członków floty Zakonu.
Tymczasem Francuzi przygotowali się do podbicia wysp maltańskich. 9 czerwca Napoleon wysłał swojego adiutanta Jean Andoche Junota, aby poprosił wielkiego mistrza o pozwolenie wpłynięcia floty francuskiej na wody portu na Malcie. Hompesch zwołał posiedzenie rady, aby przedyskutować tę prośbę, i postanowiono zezwolić na wejście do portu jednocześnie tylko czterech okrętów. Było to zgodne ze starym prawem, które w okresie działań wojennych zabraniało wstępu do maltańskich portów więcej niż czterech statków krajów chrześcijańskich jednocześnie.