Od 18 września 1944 partią kierował Tymczasowy Zarząd Główny. 23 listopada 1944 wybrano prezydium ZG. 26 marca 1945 powołano Radę Naczelną, a Zarząd Główny zastąpiono Naczelnym Komitetem Wykonawczym. Funkcję sekretarza ZG zastąpiono funkcją sekretarza generalnego NKW. Powołano Główną Komisję Rewizyjną i Główny Sąd Partyjny, którego członkowie początkowo wchodzili w skład NKW, a od 15 stycznia 1946 przez pewien czas w skład RN. 27 maja 1947 powołano Sekretariat Generalny NKW, a 28 czerwca 1948 Centralną Komisję Kontroli Partyjnej przy NKW. Od początku istnienia partii sekretarz i skarbnik posiadali zastępców.
Prezesi od 18 września 1944 do 23 listopada 1944 – Stanisław Kotek-Agroszewski od 23 listopada 1944 do 26 marca 1945 – Józef Maślanka od 26 marca 1945 do 24 września 1945 – Stanisław Bańczyk od 24 września 1945 do 29 listopada 1949 – Wincenty Baranowski
Wiceprezesi Stanisław Janusz (IX–XI 1944), Andrzej Witos (IX–XI 1944), Edward Bertold (XI 1944–III 1945), Jan Czechowski (IX 1944–III 1945), Bronisław Drzewiecki (III–IX 1945), Władysław Kowalski (III–IX 1945), Józef Putek (IX 1945–I 1946), Bolesław Podedworny (IX 1945–IX 1949), Jan Michał Grubecki (I 1946–IX 1949), Piotr Szymanek (I 1946–IX 1949)