Kaplica Emiliani Po lewej stronie fasady znajduje się kaplica Emiliani (cappella Emiliani). Wzniesiona na planie sześciokąta, jest zwieńczona półkolistą kopułą. Jej najbardziej charakterystyczną cechą jest złożoność: składa się ona z dwóch półkulistych kopuł, połączonych centralnym filarem. Kopuła wewnętrzna jest zbudowana z cegieł, a zewnętrzna – z bloków z kamienia istryjskiego, układanych w poziomie. Kamienny filar środkowy jest połączony z kopułą zewnętrzną za pomocą żelaznych drągów.
Okrągłe wnętrze, rozczłonkowane jest kolumnami korynckimi. Ściany pomiędzy nimi są udekorowane polichromowanym marmurem. Na trzech ołtarzach znajdują się marmurowe rzeźby: Zwiastowanie Pańskie, Pokłon pasterzy i Objawienie Pańskie, wszystkie dłuta Giovanniego Antonia da Corona.
Kampanila thumb|right|275px|Campanile i północna strona kościoła San Michele in Isola widziana z laguny weneckiej. XV-wieczna kampanila, zwieńczona kopułą, jest pokryta ornamentami z terakoty. Ma 40 m wysokości i zestaw dzwonów uruchamianych elektromechanicznie.