Wnętrze Wnętrze jest trzynawowe, przykryte płaskim stropem kasetonowym (podobnie jak florencka bazylika San Lorenzo Filippa Brunelleschiego). Prezbiterium, oddzielone od naw łukiem triumfalnym, jest przykryte kopułą, wspartą na pendentywach i zakończone półkolistą apsydą. Barokowy ołtarz z 1686 roku zdobią posągi Św. Michał Archanioł, Św. Romuald i Św. Benedykt, przypisywane Paolowi Callalowi.
Codussi przypuszczalnie zaprojektował barco, wsparty na arkadach chór klasztorny, który przecina w poprzek kościół. Pod barco stoją dwa posągi, Św. Małgorzata dłuta Melchiora Barthela oraz Św. Hieronim dłuta Josse de Corte. Nad wejściem do kościoła znajduje się pomnik doży Giovanniego Dolfina z dekoracją rzeźbiarską (posągi Wiary i Roztropności oraz popiersie zmarłego) przypisywaną Pietrowi Berniniemu. Na posadzce przed portalem zwraca uwagę kamień nagrobny brata Paola Sarpiego. Na ścianach widnieją: Adoracja złotego cielca Gregoria Lazzariniego, Poskramianie węży Antonia Zanchiego oraz drewniana, przypuszczalnie XVI-wieczna, rzeźba Chrystus pomiędzy Maryją a św. Janem. W nawach są tablice i kamienie nagrobne z XV i XVI wieku. W lewej nawie znajduje się renesansowa kaplica Santa Croce z początku XVI wieku. Jej wyposażenie stanowi barokowy ołtarz z tabernakulum.