Dość duże zmiany nastąpiły w roku 1999. Wówczas to konkurs zaczął być organizowany przez dalej przez generalnego konserwatora zabytków, ale od tej pory pod patronatem marszałka Sejmu RP oraz ministra kultury i dziedzictwa narodowego. Ponadto utworzono trzy kategorie: architektury i budownictwa, dzieła sztuki obronnej (lub ich części) oraz zabytki archeologiczne o własnej formie terenowej. Zrezygnowano natomiast z zabytkowych cmentarzy, układów urbanistycznych i zespołów budowlanych oraz zabytkowych parków i ogrodów. O ile przez wcześniejsze 25 lat obiekty zgłaszali konserwatorzy wojewódzcy, to od 1999 roku mogli to robić tylko właściciele lub użytkownicy obiektów, którzy zgłaszali budynki do konserwatora wojewódzkiego, a ten po ocenie obiektów na swoim terenie nominował do nagrody maksymalnie dwa. W dalszym etapie komisja przy konserwatorze generalnym wybierała maksymalnie sześć. Spośród nich konserwator generalny wybierał nie więcej niż trzech równorzędnych laureatów. Otrzymywali oni dyplom oraz brązową tablicę informującą o zwycięstwie, przeznaczoną do umieszczenia na obiekcie.