4 sierpnia 1482 roku patriarcha Wenecji, Maffeo Gerardo, podpisał umowę z Codussim dotyczącą odbudowy i wzmocnienia kampanili kościoła San Pietro di Castello, rażonej piorunem. Prace przy niej trwały 6 lat. Kampanila została również nakryta kopułą, (rozebraną w 1670 roku), która miała nadać budynkowi inny wygląd, z wyraźnymi odniesieniami do tradycji wenecko-bizantyńskiej.
W 1483 roku Codussi został „proto” (pierwszym architektem) kościoła San Zaccaria. Musiał pogodzić gotycki jeszcze styl swego poprzednika, Antonia Gambella (zmarłego w 1481 roku), z nowymi wymogami weneckiego renesansu. Dobudował górne kondygnacje kościoła, oraz renesansowe kolumny wewnątrz. Jego dziełem jest również pięciokondygnacyjna, marmurowa fasada (gotycka jedynie w dolnej części), ukończona w latach 1485–1490. Poszczególne jej kondygnacje zdobią dekoracyjne nisze, kolumny, pilastry i wysokie, renesansowe okna. Szczyt wieńczy półokrągły, bogato rzeźbiony tympanon, ozdobiony okrągłym oknem i figurami świętych.