W 1483 roku spłonęło wschodnie skrzydło Pałacu Dożów. Wkrótce potem ogłoszono przetarg na jego odbudowę. Choć źródła wymieniają Antonia Rizziego jako architekta związanego z odbudową, to wykonawstwo robót, z uwagi na styl, przypisać można Codussiemu. Zaprojektował on dwie całkowicie różne fasady, jedną od strony Rio di Palazzo, a drugą od strony dziedzińca. Zaprojektował również bogate dekoracje ścienne.
W latach 1483–1499 przy kościele Santi Apostoli zbudowano według projektu Codussiego kaplicę, przeznaczoną dla rodziny królowej Cypru, Katarzyny Cornaro.
W styczniu 1491 roku Codussi kierował pracami rekonstrukcyjnymi przy Scuoli Grande di San Marco, ukończonym w 1495 roku. Większość krytyków, porównując fasadę Scuoli z fasadą kościoła San Zaccaria, przypisuje Codussiemu fakturę majestatycznych łuków szczytu fasady.
15 listopada 1491 roku Codussi otrzymał zamówienie na zbudowanie kościoła Santa Maria Formosa. Prace nie zostały ukończone przed sierpniem 1497 roku. Kościół Santa Maria Formosa, z centralnym planem krzyża greckiego, o renesansowej prostocie linii, był zapowiedzią najważniejszego dzieła Codussiego, modelowego weneckiego kościoła renesansowego – San Giovanni Crisostomo. Codussi nie zdołał jednak ukończyć dzieła (zmarł w 1504 roku).