W lutym 1919 podporucznik Zapolski został wysłany na front jako dowódca III batalionu, 9 kompanii 35 Chełmskiego pułku piechoty i skierowany do Włodzimierza Wołyńskiego. Grupą Zapolskiego dowodził major Leopold Lis-Kula. Mieli powstrzymywać atak ukraińskich oddziałów atamana Petlury. 14 października 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu kapitana, w piechocie, w grupie oficerów byłych Legionów Polskich. Franciszek Zapolski przeszedł całą kampanię i walczył w pułku najmłodszych żołnierzy, tzw. zuchowatych, którzy odznaczali się brawurą i męstwem. Za zasługi otrzymał krzyż „Virtuti Militari” V klasy. Po wojnie pozostał oficerem Wojska Polskiego.
1 grudnia 1924 został mianowany majorem ze starszeństwem z 15 sierpnia 1924 i 243. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W czerwcu 1924 otrzymał zgodę od władz wojskowych na zawarcie związku małżeńskiego z Heleną Ginterówną, córką Leona i Michaliny z Cywińskich. 1 września 1925 został skierowany na dwumiesięczny kurs dla kwatermistrzów. 22 marca 1926 został wyznaczony do zdawania egzaminów wstępnych do Wyższej Szkoły Wojennej. Egzaminy zdawał w grupie VIII w dniach 6 i 7 maja 1926. Z dniem 2 listopada 1927 został przydzielony do Wyższej Szkoły Wojennej w Warszawie, w charakterze hospitanta kursu 1927–1929 z równoczesnym przeniesieniem do kadry oficerów piechoty.