Niemniej należy mieć na uwadze, że z uwagi na ograniczenia metodologiczne, system może promować produkty wysoko przetworzone, o niskiej wartości odżywczej, deprecjonując te naturalne, ekologiczne, regionalne. W założeniu system nie jest przeznaczony do porównywania wartości żywieniowej produktów z różnych kategorii. Brak wiedzy w tym zakresie może przyczyniać się do błędnej interpretacji przez konsumenta informacji umieszczonej na opakowaniu produktu.
Upowszechnienie uproszczonego oznakowania żywności Nutri-Score w założeniu ma na celu powstrzymanie wzrostu chorób cywilizacyjnych w społeczeństwie m.in. epidemii otyłości, chorób układu krążenia, cukrzycy, niektórych chorób nowotworowych, których występowanie zdaniem wielu instytucji i organizacji zajmujących się zdrowiem publicznym łączy się ze spożywaniem żywności bogatej w cukry, kwasy tłuszczowe nasycone, sól oraz konserwanty, a ubogiej w pektyny, witaminy i sole mineralne – występujące m.in. w świeżych warzywach i owocach. System jednak nie osiąga tego celu, ponieważ jego niedoskonała metodologia nie uwzględnia stopnia przetworzenia żywności oraz zawartości sztucznych dodatków, a także ważnych substancji m.in.