Interesowała go metodologia nauczania, a także bezpośredni kontakt z młodymi ludźmi z różnych środowisk oraz praca społeczna, w którą angażował swych uczniów. Pracę nauczyciela Roman Czernecki kontynuował w Gimnazjum Towarzystwa Naftowego w Borysławiu, w Częstochowie, a następnie - od 1933 roku - w Męskim Gimnazjum im. J. Śniadeckiego w Kielcach, gdzie pozostał z żoną do roku 1939. Krótko przed wybuchem II wojny światowej otrzymał propozycję objęcia stanowiska dyrektora Państwowego Gimnazjum i Liceum w Kętach.
Tajne nauczanie podczas okupacji Wojna zastała Romana Czerneckiego w Kielcach. W wyniku akcji AB groziło mu aresztowanie przez gestapo. Wraz z rodziną znalazł schronienie w majątku Słupia Jędrzejowska. To tam Roman Czernecki założył tajne gimnazjum i liceum oraz został dyrektorem obu placówek. Z początku szkoła liczyła 16 uczniów. Z czasem grono nauczycielskie poszerzyło siatkę konspiracyjnego nauczania i zaczęło prowadzić zajęcia dla dzieci chłopskich z okolicznych wsi. Nad funkcjonowaniem placówki czuwała - powołana na podstawie zarządzenia Tajnej Organizacji Nauczycielskiej - konspiracyjna Powiatowa Komisja Oświaty i Kultury we Włoszczowie. W roku szkolnym 1942/1943 w tajnym gimnazjum uczyło się już 327 uczniów, z których około 90% stanowiły dzieci chłopskie.