Po kolejnym zniszczeniu został w 1193 roku konsekrowany.
Obecny kościół Dawny kościół został zburzony w XVII wieku, kiedy uznano, że z powodu złego stanu technicznego nie da się go wyremontować. Nowy kościół został zbudowany w latach 1618–1639 według projektu Francesca Contina. W latach 1676 i 1685 był przebudowywany. Jego fasada, zwrócona w stronę wąskiego kanału, została przebudowana w 1735 roku. Znalazła się na niej grupa rzeźbiarska, którą tworzyły posągi św. Tobiasza i św. Rafała Archanioła oraz pies i ryba, dzieło prawdopodobnie Sebastiana Marianiego. W 2004 roku fasada została poddana restauracji.
Parafia św. Rafała Archanioła Czasy i okoliczności erygowania pozostają niepewne, jednak przypuszcza się, iż fakt ten musiał mieć miejsce w okolicach legendarnej fundacji kościoła, a najpóźniej w IX wieku.