Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Liczba weneckich parafii została zmniejszona z ponad 70 do 30. Kościół św. Rafala Archaniola utrzymał status kościoła parafialnego, a do jego parafii włączono przyległą parafię San Nicolò dei Mendicoli (która przy tej okazji została zniesiona i erygowana ponownie 1952 roku). Od 1807 roku na parafią zarządza proboszcz z nominacji patriarchy. Obecnie parafia wchodzi w skład dekanatu Dorsoduro, w diecezji Wenecji.
Architektura Kościół Kościół wznosi się na planie krzyża greckiego jako założenie trzynawowe. Jego część centralna przykryta jest sklepieniem krzyżowym, podtrzymywanym przez masywne pilastry.
Kampanila Kampanila, wysoka na 35 metrów, jest efektem XVIII-wiecznej przebudowy. Jej ośmiokątny bęben jest zwieńczony cebulastą kopułą. Kampanila ma system dzwonów uruchamianych elektromechanicznie.
Wnętrze Wnętrze kościoła zdobią obrazy między innymi Palmy młodszego.