Fokker wysłał go do pracy dla Western Canada Airways w Hudson, aby uczył kanadyjskich pilotów obsługi samolotów wyposażonych w pływaki.
Współpraca z Byrdem Latem 1927 roku został zatrudniony przez Byrda, by uczestniczyć w planowanym przelocie transatlantyckim. Przelot samolotem Atlantic-Fokker C-2 odbył się w czerwcu 1927 roku – był to pierwszy transatlantycki lot pocztowy. Z powodu złych warunków atmosferycznych lądowanie miało miejsce w Ver-sur-Mer w Normandii.
Balchen był pierwszym pilotem Byrda podczas lotu 29 listopada 1929 roku nad biegunem południowym, który był pierwszym przelotem nad owym biegunem w historii.
Lotnictwo cywilne thumb|240px|Bernt Balchen, Western Canada Airways Base, Fort McMurray, Alberta, 1930 thumb|240px|Bernt Balchen i Amelia Earhart, 1932 W 1931 roku Balchen przyjął obywatelstwo amerykańskie. W tym samym roku przebudował samolot Amelii Earhart (1897–1937), którym przeleciała samotnie nad Oceanem Atlantyckim w 1932 roku.
Następnie przez kilka lat pracował jako pilot dla Trans World Airlines i Pan American World Airways, a także jako pilot oblatywacz dla wytwórni samolotów Fokker, Northrop i Douglas.
W latach 1933–1935 był pilotem wyprawy Lincolna Ellswortha (1880–1951) na Antarktydę i po raz drugi przeleciał nad biegunem południowym.