W konsekwencji ograniczenia przydziałów żywności nastąpił wyraźny wzrost liczby zgonów pacjentów. W samym 1940 roku zmarło 501 pacjentów, wśród których 109 osób miało pochodzenie żydowskie. We wrześniu 1941 roku (według Issajewicza w sierpniu) 91 żydowskich pacjentów przewieziono do Zakładu dla Nerwowo i Psychicznie Chorych Żydów „Zofiówka” w Otwocku. W kobierzyńskim zakładzie zostały tylko 3 lub 4 osoby pochodzenia żydowskiego, będące w stanie przedagonalnym. Transport do Otwocka odbywał się w dobrych warunkach. Pacjenci dostali prowiant, w podróży towarzyszył im lekarz, a konwojowali ich pracownicy służby pomocniczej. 19 sierpnia 1942 wszyscy pacjenci „Zofiówki”, w tym także chorzy przywiezieni z Kobierzyna, zostali zamordowani przez Niemców, którzy prowadzili wtedy ogólną akcję likwidacji getta w Otwocku. Żydowski zespół lekarski i pomocniczy otwockiego szpitala został wywieziony do obozu zagłady w Treblince.