We wrześniu 1941 do Kobierzyna przyjechał Reichsjugendführer (Dowódca Młodzieży Rzeszy) Artur Axmann, który planował przejęcie obiektu na potrzeby Hitlerjugend. Kroll otrzymał zalecenie dokonania w jak najszybszym czasie likwidacji zakładu. Racje żywieniowe pacjentów stanowiły niespełna połowę dziennej normy żywieniowej, wskutek czego organizmy chorych były zmuszone do spalania własnych tkanek. Racje żywnościowe wyznaczał osobiście Kroll, a ich zmniejszanie nie było wynikiem braku żywności w magazynie zakładu. Do czasu likwidacji w czerwcu 1942 placówka pobierała od władz niemieckich przydziałową mąkę, cukier, makaron, tłuszcz. Z powodu głodu masa ciała pacjentów gwałtownie spadała. Zdarzały się przypadki, że masa ciała pacjenta obniżała się w ciągu miesiąca o 15 kg, a ich stan fizyczny gwałtownie się pogarszał. Na przełomie 1941/1942 roku liczba zgonów dochodziła do 45–50 miesięcznie. Głodzenie pacjentów miało znamiona celowej akcji zmierzającej do systematycznego wyniszczenia biologicznego.