W następnych meczach nastąpiły jednak dwie porażki 1:2 z Bayererem Leverkusen i tym samym wynikiem z Borussią Mönchengladbach. W kolejnych meczach podopieczni Flicka odnieśli serię zwycięstw. Pokonywali odpowiednio Werder Brema 6:1, SC Freiburg 3:1, VfL Wolfsburg 2:0, Herthę BSC 4:0, FC Schalke 04 5:0 oraz 1. FSV Mainz 05 3:1. Stratę punktów zaliczyli dopiero w kolejnej kolejce remisując z RB Lipsk 0:0. Po tym remisie, piłkarze Bayernu wygrali wszystkie mecze ligowe do końca sezonu. Seria zwycięstw, trwająca 13 meczów, zapewniła Bayernowi 30 w historii i 8 z kolei Mistrzostwo Niemiec, które zdobyli 16 czerwca 2020 roku. Miało to miejsce na 3 kolejki przed końcem sezonu ligowego.
W pierwszej rundzie Pucharu Niemiec Bayern Monachium pokonał Energie Cottbus 3:1. W drugiej rundzie Bayern zmierzył się z VfL Bochum. Bawarczycy wygrali to spotkanie 2:1 i awansowali do 1/8 finału. W 1/8 finału Bayern Monachium zmierzył się z TSG Hoffenheim. Po zwycięstwie 4:3, Bayern awansował do kolejnej rundy. W ćwierćfinale Bayern zagrał z FC Schalke 04 i wygrał to spotkanie 1:0. W półfinale rywalem Bayernu okazał się Eintracht Frankfurt. Bawarczycy wygrali w tym meczu 2:1 i awansowali do finału. 4 lipca 2020 roku, w finale Pucharu Niemiec, Bayern Monachium zmierzył się z Bayerem Leverkusen.