(Polizeiliches) Judendurchgangslager Westerbork thumb|Rejestrowanie obywateli żydowskich w Amsterdamie 20 czerwca 1943 roku, którzy następnie zostali deportowani do obozu Westerbork thumb|Deportacja z Amsterdamu do Westerbork latem 1943 roku thumb|Apel w obozie Westerbork thumb|Deportacja z obozu Westerbork thumb|Deportacja z Westerbork 1942 thumb|Deportacja z Westerbork thumb|Napis na pociągu z Westerbork do Auschwitz Od 1 lipca 1942 roku obóz został przejęty przez nazistów i funkcjonował jako Polizeiliches Judendurchgangslager Westerbork, czyli obóz deportacyjny, tzn. do obozu zwożono i gromadzono w nim grupy Żydów z obszaru całej okupowanej Holandii, a następnie odprawiano transporty kolejowe z ludźmi do obozów zagłady w Auschwitz i Sobiborze, a także, lecz rzadziej do getta w Theresienstadt i obozu Bergen-Belsen. Komendantem obozu od października 1942 aż do wyzwolenia był SS-man . W tym czasie obóz został otoczony dwumetrowej wysokości ogrodzeniem z drutu kolczastego z siedmioma wieżyczkami strażniczymi, zaś wejścia do obozu zaczęło strzec SS. Porządku na terenie obozu pilnowały oddziały OD (Ordedienst) złożone z żydowskich współwięźniów, zaś poza obozem holenderska policja militarna Marechaussee (zmieniana co dwa miesiące).