Kolinski, A., SURPASS Low-Resolution Coarse-Grained Protein Modeling ,J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 5766−5779
Modele gruboziarniste kwasów nukleinowych Modele gruboziarniste stosuje się również do przewidywania struktury i dynamiki kwasów nukleinowych. Modele te różnią się, w zależności od wykorzystania, ilością ziaren użytych do reprezentacji jednego nukleotydu (od 1 do 7 ziaren) oraz uwzględnionymi w modelu oddziaływaniamiŠponer J, Bussi G, Krepl M, et al. RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview. Chem Rev. 2018;118(8):4177–4338. doi:10.1021/acs.chemrev.7b00427.
Przykłady modeli gruboziarnistych kwasów nukleinowych:
DMD (Discrete Molecular Dynamics) 2008Ding F.; Sharma S.; Chalasani P.; Demidov V. V.; Broude N. E.; Dokholyan N. V. Ab Initio RNA Folding by Discrete Molecular Dynamics: From Structure Prediction to Folding Mechanisms. RNA 2008, 14, 1164–117310.1261/rna.894608. Vfold 2009Cao S.; Chen S.-J. Predicting Structures and Stabilities for H-type Pseudoknots with Interhelix Loops. RNA 2009, 15, 696–70610.1261/rna.1429009. NAST (The Nucleic Acid Simulation Tool) 2009Jonikas M. A.; Radmer R. J.; Laederach A.; Das R.; Pearlman S.; Herschlag D.;