W 1505 Rada Najwyższej i Generalnej Inkwizycji w Hiszpanii (Suprema) mianowała Bartolome Lopeza Tribaldosa (zm. 1520) pierwszym inkwizytorem Wysp Kanaryjskich. W latach 1506–1509 przeprowadził wizytację niemal całego archipelagu, a w 1513 skazał zaocznie na śmierć moryska, który uciekł do Afryki. Jego następcą został w 1524 Martin Ximenes, który po przybyciu na wyspy ogłosił edykt wzywający wszystkich wiernych do denuncjowania heretyków. W 1526 odbyły się dwa autos da fe, w których osiem osób zostało spalonych na stosie. Kolejny inkwizytor Luis de Padilla (1527–1563) zacieśnił więzy z trybunałem sewilskim i wszelkie wyroki wydawał dopiero po konsultacjach z inkwizytorami Sewilli. W okresie jego urzędowania odbyły się pierwsze na Wyspach Kanaryjskich procesy przeciwko domniemanym zwolennikom reformacji (1557).