Studia w Wittenberdze Rafajłowicz otrzymał wsparcie finansowe od księcia Albrechta i zapisał się na Uniwersytet w Wittenberdze 22 marca 1542 roku. Zachowane ogłoszenie z tamtych czasów sugeruje, że Rafajłowicz oferował prywatne lekcje języka hebrajskiego. Doktorat z teologii uzyskał po publicznej obronie swoich 28 tez w dniu 23 maja 1544 roku. Obronie tej przewodniczył Marcin Luter (w ostatniej dekadzie życia przewodniczył on 13 obronom), prawdopodobnie Filip Melanchton był jego promotorem. Teza Rafajłowicza Die poenitentia (O skrusze, dobrych uczynkach i ich wpływie na wyrok) została zainspirowana wykładem religijnym wygłoszonym w 1541 na konferencji w Ratyzbonie. Protokół obrony, rozpowszechniany później w licznych ośrodkach luterańskich napisał Johann Stoltz (jego kopię zachowała Biblioteka Akademicka Uniwersytetu Łotewskiego). 29 maja Rafajłowicz otrzymał insygnia doktora teologii (czapkę, pierścień i Biblię) a Kaspar Cruciger Starszy wygłosił przemówienie De dono interpretis in ecclesia, które podkreślało znaczenie prawidłowego wyjaśnienia słowa Bożego świeckim ludziom. Ceremonia zakończyła się uroczystą publiczną procesją przez miasto i wielką ucztą.