Pobyt w Królewcu Niedługo później Rafajłowicz wyjechał do Królewca gdzie brał udział w tworzeniu Collegium Albertinum, późniejszego Uniwersytetu w Królewcu. Został pierwszym kierownikiem Wydziału Teologicznego tej uczelni. Jego roczna pensja wynosiła 200 guldenów, co było najwyższą wówczas oferowaną pensją i odzwierciedlało wagę jego pozycji. Uczył teologii, języka hebrajskiego, był również psalmistą. Rafajłowicz, choć niski i ze skrzywieniem kręgosłupa, stał się znany ze swoich zdolności retorycznych, a jego wykłady stały się popularne, brali w nich udział wybitni członkowie pruskiego establishmentu, w tym książę Albrecht.
Rafajłowicz był aktywny zawodowo krócej niż rok. Napisał i opublikował 42 tezę łacińską De ecclesia et eius notis na temat niektórych podstawowych cech luteranizmu. Korzystając z argumentów biblijnych wyjaśnił, dlaczego kościół reformatów był przeciwny kultowi świętych, celibatowi kapłanów, radom ewangelicznym, Sakramentowi Pokuty, rozgrzeszaniu z grzechów śmiertelnych i innym kwestiom. Oryginalne wydanie, opublikowane przez Jana Weinreicha, nie zachowało się, ale tekst został ponownie opublikowany przez Hieronymusa Mencla w 1558 i 1562.