Po 1574 inkwizycja nadal pozostawała instytucją niepopularną w społeczeństwie galicyjskim, które nie było skore do współpracy z nią. Uspokojenie tych relacji nastąpiło dopiero po roku 1632, gdy wielkim inkwizytorem Hiszpanii został Galisyjczyk Antonio de Sotomayor. Zerwał on wówczas z praktyką mianowania Kastylijczyków na urzędy inkwizytorskie w Galicji i obsadził miejscowy trybunał swoją klientelą spośród miejscowej szlachty. Trend ten jeszcze bardziej umocnił się za urzędowania kolejnego Galisyjczyka jako wielkiego inkwizytora Diego Sarmiento de Valladares (1669–1695). W rezultacie większość funkcji w trybunale inkwizycyjnym została skupiona w ręku kilku miejscowych klanów, co z jednej strony wyeliminowało konflikty między inkwizycją a lokalnymi społecznościami, ale z drugiej sparaliżowało działalność trybunału, który niechętnie podejmował działania wobec członków powiązanych ze sobą klanów i ich klienteli.
Trybunał inkwizycji w Galicji został po raz pierwszy zniesiony w grudniu 1808 przez Józefa Bonaparte, który z namaszczenia swego brata Napoleona został królem Hiszpanii. Jednakże po upadku Napoleona król Ferdynand VII Burbon przywrócił inkwizycję w całej Hiszpanii.