W wieku 23 lat Jeanne odziedziczyła po zmarłej matce pokaźny majątek o współczesnej wartości ok. 30 milionów euro. Zamieszkała z siedem lat starszą od siebie kompozytorką, pisarką i feministką (1831–1915), która w 1863 roku poświęciła Merkus sonatę. Po krótkim pobycie w Renkum i Oosterbeek, w 1864 roku kobiety przeniosły się do Spaensweerd w Brummen, a od 1867 roku mieszkały w Klein Warnsborn koło Arnhem. W 1869 roku Merkus udała się w podróż do Francji.
W 1870 roku przebywała w Paryżu, gdzie opiekowała się żołnierzami rannymi podczas wojny francusko-pruskiej. Zaczęła identyfikować się ze swoją imienniczką Joanną d’Arc (1412–1431). We Francji uległa wpływom ruchów socjalistycznych, komunistycznych i anarchistycznych. Upadek Komuny Paryskiej w 1871 roku zinterpretowała jako koniec czasów i oczekiwała powrotu Chrystusa. Była zagorzałą zwolenniczką millenializmu.