W przypadku potrzeby bardzo dużego rozcieńczenia próbki, w układzie przepływowym stosuje się miniaturowy mieszalnik wyposażony w mieszadło magnetyczne albo kilkucentymetrowy odcinek przewodu o średnicy większej niż pozostałe przewody transportujące układu. Następuje zwykle ponaddziesięciokrotne rozcieńczenie wstrzykiwanej próbki, zanim dotrze do detektora.
Podstawowymi zasadami funkcjonowania przepływowego układu wstrzykowego są: kontrolowana dyspersja strefy próbki, wstrzykiwanie próbki do ciągłego, nie segmentowanego powietrzem strumienia roztworu nośnego za urządzeniem wymuszającym przepływ (zwykle pompa perystaltyczna), aby uniknąć zniekształceń sygnału, zachowanie stałego czasu przebywania próbki w układzie.
Zalety wstrzykowej analizy przepływowej prosta budowa układu, utrzymane stałe warunki pomiarowe, zmniejszenie zużycia próbek i reagentów, możliwość połączenia układu z innym instrumentem pomiarowym, skomputeryzowanie układu, wysoka powtarzalność zarejestrowanych sygnałów, otrzymanie wielu sygnałów podczas jednej analizy.