Ruch pociągów w obrębie stacji mógł być prowadzony wyłącznie torami nr 2 i 4, ale ze względu na wyposażenie w odpowiednio do tego przystosowane urządzenia sterowania ruchem kolejowym oraz układ torowy, a także wcześniejsze zaplanowanie, sytuacja ta nie stanowiła istotnego problemu w organizacji i prowadzeniu ruchu kolejowego.
O godz. 9:38 ze Świnoujścia do Krakowa przez Szczecin odjechał pociąg pospieszny „Barbakan”. Odjazd ze Szczecina Głównego w kierunku Poznania nastąpił o godz. 11:50. Po odjeździe ze stacji Szczecin Dąbie o godzinie 12:03 najbliższe rozkładowe zatrzymanie pociągu planowane było w StargardzieSieciowy rozkład jazdy pociągów 1996/97..
Sytuacja ruchowa bezpośrednio przed wypadkiem O godz. 12:18 na tor główny dodatkowy nr 4 z kierunku Szczecina został przyjęty pociąg towarowy nr 84368. Pociąg ten wjechał na sygnał zezwalający na jazdę S13 Jazda z szybkością nie przekraczającą 40 km/h, następny semafor wskazuje sygnał Stój wyświetlony na semaforze wjazdowym i przez rozjazdy nr 29, 24 i 23 (przy jego zwrotnym położeniu). Pociąg 84368 został przyjęty na tor nr 4 celem wyprzedzenia go przez pociąg pospieszny „Barbakan”.
Po wjeździe pociągu nr 84368 dyżurna ruchu przełożyła zwrotnicę rozjazdu nr 23 do położenia zasadniczego, kierującego na tor nr 2.