3 lutego 1945 opiekujący się w Braniewie pozostałymi końmi weterynarz sztabowy dr Ernst Arnold wyselekcjonował z pozostałego stada 103 najlepsze ogiery trakeńskie oraz 11 koni pociągowych i przeprowadził je również przez zamarznięty Zalew do Redefin w Meklemburgii.
Historia po 1945
Odrodzenie życia gospodarczego w powojennym Braniewie borykało się z poważnymi problemami. Przyczyniły się do tego dwa czynniki: peryferyjne położenie miasta i znacznie większy niż gdzie indziej rozmiar zniszczeń wojennychZbigniew Wójcik, Andrzej Skrzypczak Social and economic foundations for the growth of equestrian sport and leisure horse riding in Warmia and Mazury. Setting up and development of the State Stallion Stud in Braniewo (Społeczno-ekonomiczne uwarunkowania rozwoju sportu jeździeckiego i jeździectwa rekreacyjnego na Warmii i Mazurach) Polish Journal of Natural Sciences 29 (3/2014), s. 245–250.. Najpierw, w 1945 roku, urządzono w kompleksie budynków stadniny obóz przejściowy dla Niemców przed ich wysiedleniem z Polski, których przenoszono tu od lata 1945 przez polską milicję z innych kwartałów BraniewaHeimatbrief für den Kreis Braunsberg 2010 Nr. 24, Gegen das Vergessen, s. 83..